# 基于 GROMACS 的小分子-蛋白复合物体系分子动力学模拟前准备 在分子动力学（MD）模拟中，准备工作是确保模拟结果可靠和精确的关键。特别是在模拟小分子-蛋白复合物体系时，涉及到分子拓扑、结构加氢以及力场的选择等多个环节。本篇文章将详细介绍如何为 GROMACS 分子动力学模拟提供配体（小分子）的拓扑信息，并探讨相关的底层技术。 ## 1. …