要通过gromacs实现副本交换分子动力学模拟一定需要多线程版本

安装gcc、g++、cmake

sudo apt-get update
sudo apt-get install gcc
sudo apt-get install g++
sudo apt-get install cmake
sudo apt-get update

下载gromacs包

以gromacs2023.2为例

https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2023.tar.gz

编译gromacs

tar xfz gromacs-2023.2.tar.gz  #解压
cd gromacs-2023.2 #进去安装包
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.8
make -j4
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC   # 配置path，也可以手动在~/.bashrc的最后一行加上

编译gromacs多线程版本

此版本用于副本交换分子动力学模拟 和常规gromacs的编译只多了一个注意点，在cmke命令后面添加-DGMX_MPI=ON

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_GPU=CUDA -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-11.8 -DGMX_MPI=0N