在药物开发中，我们完成从苗头分子到先导化合物的优化后，通常会对先导化合物进行结构改造。在先导化合物结构上加上一些官能团以改善生物利用度、降低毒性以及提高活性，设计30-50化合物是比较寻常的。这会导致一个问题，这几十个化合物的2D结构都比较相似，转换成3D结构相差也不会很大，如果将这些化合物全部合成出来进行实验验证比较耗时耗力，而通过分子对接和分子…
要通过gromacs实现副本交换分子动力学模拟一定需要多线程版本 ## 安装gcc、g++、cmake ``` sudo apt-get update sudo apt-get install gcc sudo apt-get install g++ sudo apt-get install cmake sudo apt-get update ``…
# REMD介绍 ## 简介 副本交换分子动力学模拟（Replica Exchange Molecular Dynamics, REMD），也称为并行回火（Parallel Tempering），是一种增强抽样分子模拟技术。它通过同时运行多个在不同温度（或其他热力学参数）下的模拟副本，并允许这些副本根据一定的规则交换构型，从而有效地克服能垒，加速系…
# 分析前准备 ``` gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact #选0，去除周期性边界条件 (PBC, Periodic Boundary Conditions) 的影响，并生成一个更直观的轨迹文件，方便后续分析与可视化 ```…
# 基于 GROMACS 的小分子-蛋白复合物体系分子动力学模拟前准备 在分子动力学（MD）模拟中，准备工作是确保模拟结果可靠和精确的关键。特别是在模拟小分子-蛋白复合物体系时，涉及到分子拓扑、结构加氢以及力场的选择等多个环节。本篇文章将详细介绍如何为 GROMACS 分子动力学模拟提供配体（小分子）的拓扑信息，并探讨相关的底层技术。 ## 1. …
# 基于 GROMACS 的小分子-蛋白复合物体系分子动力学模拟前准备 在分子动力学（MD）模拟中，准备工作是确保模拟结果可靠和精确的关键。特别是在模拟小分子-蛋白复合物体系时，涉及到分子拓扑、结构加氢以及力场的选择等多个环节。本篇文章将详细介绍如何为 GROMACS 分子动力学模拟提供配体（小分子）的拓扑信息，并探讨相关的底层技术。 ## 1. …